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Em geral, é causada pela bactéria Escherichia coli, que está localizada no intestino e é de extrema importância para a digestão. No entanto, quando ela se aloja no trato urinário, ela pode infectar a uretra, o que causa a uretrite; a bexiga, conhecida como cistite; ou os rins que gera uma pielonefrite. Outros microorganismos também podem provocar cistite.
A pielonefrite é uma doença que provoca inflamação nos rins que, normalmente, ocorre quando as bactérias presentes no trato urinário sobem pelos ureteres. Esse tipo de infecção requer atenção médica imediata, já que quando não tratada de forma adequada, pode se espalhar por meio da corrente sanguínea, provocando uma condição chamada septicemia.